Giữa thế kỷ I và thế kỷ IV sau Công nguyên, làn sóng dân nói tiếng Bantu đã nhập cư từ phía tây và bắc qua thung lũng sông Zambezi và dần dần xâm nhập vào cao nguyên và các khu vực ven biển. Họ là những người nông dân và thợ sắt.

Các thương gia Indonesia và Ấn Độ thường xuyên đến các vùng duyên hải. Vào thế kỷ XII, người Ả Rập đến lập các thương điếm và khai thác cạn kiệt tài nguyên của vùng.

Năm 1498, Vasco da Gama lần đầu tiên đặt chân lên vùng đất này. Năm 1544, Lourenco Marques cho xây dựng thành phố mang tên ông ta (thành phố Maputo hiện nay). Trong 2 thế kỷ XVII và X, ảnh hưởng của Bồ Đào Nha được khẳng định trong vùng hạ thung lũng phía đông, nơi đây trở thành trung tâm mua bán nô lệ. Biên giới thuộc địa mới của người Bồ Đào Nha được ấn định qua các hiệp ước với Đức và Anh (1886- 1893).

Đầu thế kỷ XX, người Bồ Đào Nha đã chuyển quyền điều hành quản lý Mozambique cho các công ty tư nhân lớn như Mozambique Company, Zambezi Company và Niassa Company, các công ty thuộc quyền kiểm soát và cung cấp tài chính của nước Anh, quốc gia thiết lập các tuyến đường ray từ đây đi các nước láng giềng và cung cấp lao động người Phi (thường là bắt buộc và với giá rẻ mạt) cho các đồn điền và hầm mỏ ở các thuộc địa Anh quốc gần đó và ở Nam Phi. Do chính sách và kế hoạch phát triển chủ yếu là mang lại lợi ích cho người Bồ Đào Nha nên người ta ít quan tâm đến việc hội nhập và phát triển của các cộng đồng dân Mozambique bản địa. Do đó, những người bản xứ chịu cảnh phân biệt đối xử cũng như sức ép xã hội. Mozambique trở thành một tỉnh hải ngoại của Bồ Đào Nha năm 1951.

Năm 1962, Eduardo Mondlane và Mục sư Uria Simango thành lập Mặt trận Giải phóng Mozambique (FRELMO), đặt căn cứ tại thành phố Dar es-Salaam ở Tanzania. Năm 1964, Mặt trận Giải phóng Mozambique tiến hành các cuộc chiến tranh du kích chống lại ách thống trị Bồ Đào Nha. Nãm 1965, tổ chức này giành quyền kiểm soát 20% lãnh thổ nhưng những bất đồng nội bộ dẫn đến việc ám sát Mondlane năm 1969.

Mặt trận giải phóng Mozambique (FRELIMO) đã khởi xướng một chiến dịch chiến tranh du kích chống lại sự cai trị của Bồ Đào Nha vào tháng 9 năm 1964. Xung đột này, cùng với các xung đột khác ở các thuộc địa Bồ Đào Nha như Angola và Guinea-Bissau, đã trở thành cuộc chiến tranh thuộc địa Bồ Đào Nha (1961-1974). Năm 1973, Bồ Đào Nha buộc phải đưa đến 40.000 quân để trấn áp quân nổi dậy. Năm 1975, Mozambique tuyên bố trở thành nước Cộng hòa độc lập.

Sau 10 năm chiến tranh và sau cuộc trở lại dân chủ của Bồ Đào Nha thông qua một cuộc đảo chính quân sự ở Lisboa (cách mạng cẩm chướng tháng 4 năm 1974), FRELIMO đã giành quyền kiểm soát lãnh thổ này. Trong vòng 1 năm, hầu như toàn bộ dân Bồ Đào Nha đã rời quốc gia này, một số vì sợ hãi, một số bị buộc phải ra đi. Mozambique độc lập khỏi Bồ Đào Nha ngày 25 tháng 6 năm 1975.

Nhưng sau đó, từ năm 1976 đến năm 1992, nước này lâm vào một cuộc nội chiến đẫm máu, cướp đi sinh mạng của gần 1 triệu người.

Tháng 10 năm 1994, cuộc tổng tuyển cử đa đảng đầu tiên ở Mozambique đã bầu trực tiếp Tổng thống và 250 đại biểu Quốc hội. Ông Joaquim Alberto Chissano, Chủ tịch Đảng Frelimo đắc cử Tổng thống, Đảng FRELIMO giành được 129 trong tổng số 250 ghế đại biểu Quốc hội. Ngày 9 tháng 12 năm 1994, Tổng thống J.A.Chissano tuyên thệ nhậm chức và thành lập Chính phủ đoàn kết, hòa hợp dân tộc.

Mặc dù chưa bao giờ chịu sự chi phối của nước Anh, nhưng năm 1995, Mozambique lại bày tỏ mong muốn tham gia vào Khối thịnh vượng chung Anh.

Tháng 7 năm 2003, Mozambique là Chủ tịch luân phiên của Liên minh châu Phi (AU).

Tháng 12 năm 2004, Mozambique đã phải trải qua một thời kỳ chuyển giao quyền lực khi Joaquim Chissano rút lui khỏi chính trường sau 18 năm lãnh đạo đất nước. Cuộc bầu cử Tổng thống đã diễn ra vào tháng 12 năm 2004 với tháng lợi thuộc về Armando Emilio Guebuza. Trong cuộc bầu cử vào tháng 11 năm 2009, ông Guebuza đã tái đắc cử Tổng thống với 76,3% số phiếu bầu.

Xung đột và nội chiến

Chủ tịch đảng Mặt trận Giải phóng Mozambique, Samora Machel, trở thành Tổng thống. Machel tiến hành quốc hữu hóa các lãnh vực kinh tế, giáo dục và y tế.

Đất nước lại rơi vào nội chiến giữa Mặt trận Giải phóng Mozambique và phong trào Kháng chiến Dân tộc Mozambique thành lập năm 1981 và được Nam Phi hậu thuẫn.

Năm 1986, Tống thống Machel qua đời trong một tai nạn máy bay. Joaquim Chissano trở thành nhà lãnh đạo mới của đất nước. Hiến pháp năm 1990 thiết lập thể chế đa đảng. Năm 1992, Mặt trận Giải phóng Mozambique và tổ chức Kháng chiến Dân tộc Mozambique ký hiệp ước hòa bình dưới sự bảo hộ của Liên Hiệp Quốc. J. Chissano trở thành Tổng thống sau cuộc tuyển cử tự do năm 1994 và tái đắc cử năm 1999.